《云南师范大学学报》（自然科学版）(双月刊)，1958年8月创刊，是云南省教育厅主管，云南师范大学主办的自然科学综合性学术期刊，经历了《红色教师》、《教育革命》、《昆明师范学院学报》、《云南师范大学学报》等阶段，在《红色教师》和《教育革命》阶段一直是文理综合版，直到1978年《昆明师范学院学报》出版时，才分为哲学社会科学版和自然科学版两个版出版发行，也才标志着独立的《云南师范大学学报》哲社版和自科版诞生。《云南师范大学学报》（自然科学版）现任常务副主编高云副编审，编辑有张国庆博士后，朱兴磊博士。主要栏目有：活动星系核研究、可再生能源研究、数学、计算机科学及应用、物理学及材料科学、化学、生物学、体育、地理学。
《云南师范大学学报》（自然科学版）现为“中国科技核心期刊”，国家科技部“中国科学引文数据库来源期刊”，“中国学术期刊综合评价数据库来源期刊”，“中国期刊全文数据库全文收录期刊”，是中国科学院主办《中国数学文摘》、《中国化学化工文摘》、《中国生物学文摘》等文摘刊物，以及“中国核心期刊遴选数据库”、《中国学术期刊（光盘版）》的收录期刊。同时本刊还被美国《乌利希期刊指南（网络版）》（Ulrichsweb）、德国《数学文摘》（ZM）收录。
自创刊以来，《云南师范大学学报》（自然科学版）》始终以迅速反映云南师范大学理工科各院系的最新教学、科研成果，积极促进国内外学术交流为宗旨。进入21世纪后，《云南师范大学学报》（自然科学版）全面实施“质量工程”，大力抓好“专家系统”的建设；认真贯彻国家颁布的一系列与出版、编辑业务相关的法定技术标准，严格执行高校学报和科技期刊的编排规范，向着编辑现代化的目标稳步迈进。经过多年的不懈努力，刊物的稿件质量、编校质量、印刷装帧质量都有了显著提高，所发表论文的引用率和转摘率也持续呈现出较快的上升趋势。在云南省期刊奖评选中，“太阳能与生物质能”、“数学”、“活动星系核研究”3个栏目分别在2006、2009、2012年获“优秀栏目奖”，在2013年高校科技期刊研究会高师学报系统首届“四个奖”评比中，荣获“高校学科建设贡献奖”。